1、在xrf分析仪分析中，某些元素间可能有全部或者部分谱线重叠。基本参数方程要求使用没有受到谱线重叠影响的净强度。在这些方程中包含某些经验的修正。
2、在xrf分析仪分析中，在某些元素间可能存在元素间干扰或者基体效应。来弥补这些效应的经验方式就是制备一系列校正标样的曲线，浓度范围涵盖要分析的范围。此时需要仔细设计的参考物质。就是所有不需要分析的元素的含量固定，而要分析的元素浓度不同。这就是所谓基体匹配。当然，在xrf分析仪分析中可使用数学方法来弥补元素间或者基体的效应。
3、干扰也可能来自康普敦谱线或者X射线管中靶材所产生的特征谱线，这些通过使用滤光轮去除，但同时也可能导致分析谱线强度的降低。
4、xrf分析仪分析中，干扰也可能来自金相结构的误差，由于分析目标元素的密度受到样品的质量吸收系数的影响，而且数学模型假设的是均质物质，由此带来误差。例如，在含有碳和碳化物的钢材中，钛和镍可能以钛镍化碳合物的方式存在，相比铁对于钛的K-a谱线来讲，其具有较低的质量吸收系数，钛的密度高于这个样品。
5、对于xrf分析仪由于分析的固体进样性质，以及样品表面的性质可能与标样的差异，导致分析的偏差。
总而言之，样品与标样的不同性越大，其误差越大。所谓不同性包括：基体物质的物理化学性能，例如前面所言的密度，结构，成份组成以及浓度，表面情况，甚至样品中待测试元素的含量是否在标样范围内，每次样品放置的位置等都对于分析结果的准确度有影响。
